Rute Kapal PELNI Jakarta - Surabaya - Bali - Lombok - Sumbawa - Flores - Timor. Kemudian, rute Kapal PELNI Jakarta - Semarang - Surabaya - Bali - Lombok - Sumbawa - Flores - Timor
Selain itu, rute Kapal PELNI Jakarta - Semarang - Surabaya - Bali - Lombok - Sumbawa - Komodo - Flores - Timor. Rute Kapal PELNI Makassar - Ternate - Sorong - Raja Ampat - Fak Fak - Merauke.
Selanjutnya, rute Kapal PELNI Makassar - Ternate - Sorong - Raja Ampat - FakFak - Merauke - Timika - Biak - Jayapur, rute Surabaya - Bali - Lombok - Sumbawa - Flores - Timor.
Kemudian, rute Kapal PELNI Surabaya - Bali - Lombok - Sumbawa - Komodo - Flores - Timor, rute Kapal PELNI Surabaya - Bali - Lombok - Sumbawa - Flores - Alor - Timor.
Rute Kapal PELNI lainnya, Surabaya - Bali - Lombok - Sumbawa - Komodo - Flores - Alor - Timor dan rute Kapal PELNI Banjarmasin - Balikpapan - Tarakan - Ternate - Sorong
Semua rute itu dilalui Kapal PELNI menggunakan kapalnnya seperti KM Dobonsolo, KM Dorolonda, KM Labobar, KM Lambelu, KM Sinabung, KM Tilongkabila, KM Bukit Siguntang, KM Tidar.
Baca Juga : Jadwal Lengkap Terupdate, Semua Rute Kapal PELNI Serta Harga Tiket Terbaru
Selanjutnya, KM Gunung Dempo, KM Kelud, KM Umsini, KM Ciremai, KM Bukit Raya, KM Tatamailau, KM Nggapulu, KM Leuser, KM Egon, KM Sirimau, KM Awu.
Selain itu, Kapal PELNI yang melayari sejumlah rute di sejumlah pelabuhan di Tanah Air yakni KM Binaiya, KM Lawit, KM Wilis, KM Pangrango, dan KM Sangiang.
Adapun, syarat untuk naik Kapal PELNI bervariasi tergantung dari jenis kapal dan perusahaan pelayaran yang digunakan.